21世纪初人类受到温室效应的影响失去了大部分陆地版图，此时，神秘的海雾大舰队突然出现封锁了所有航路，人类被驱逐出所有海域。在这之后，出现了一组奇怪但强势的组合，这是一艘有人类指挥的「海雾」——伊401，虽然人类曾早就捕获了「海雾」，但并不知道如何启动，直到这艘「海雾」在两年前遇到千早群像而苏醒，并且伊401的心智模型伊欧娜找到千早后带他离开。而此次，他们接到了移送人类新型武器的委托。