公元2031年,再持续发展繁荣的人类社会中突然出现了一种异形生命体——ハーディアン。紧接着的某一日,ハーディアン开始突然间增殖,并袭击人类。为了调查ハーディアン这种异形生命体,人类组成了以防卫为目的的战斗组织“N.I.D.F.”,哀羽シュウ等人也被卷入了这场浩劫,驾驶战斗机与ハーディアン战斗。同时,N.I.D.F.的科学主任流姫那由乃在对ハーディアン的调查中发现了传说中的“死者之书”的秘密,而“死者之书”竟然与异形生命体ハーディアン存在着千丝万缕的联系?!现在,赌上人类存亡的壮烈战争即将打响……