达芬奇拿着那个母亲留给他的装置离开了那座岛屿，终于回到了佛罗伦萨，达芬奇很是高兴，但是他师傅赶紧让他藏起来，可是还没来得及就被士兵带走了，师傅告诉他现在的佛罗伦萨已经不一样了，它已经沦陷在公爵手中了。

达芬奇被带到宫殿里面，现在这所宫殿简直如地狱般，充满了鲜血充满了妇女的惨叫声哀嚎声，那是一种绝望的呐喊，克拉丽丝也被公爵控制住，虽然没有受到生命威胁，但是各种耻辱和折磨是可以想象的。原来，公爵在教皇的授意之前夺来佛罗伦萨，达芬奇问洛伦佐在哪里，克拉丽丝回答说洛伦佐请求支援合作还没有回来。达芬奇就这样被关了起来，幸亏他的那些朋友，他连同被关起来的卡洛一同被救出来。

洛伦佐在那不勒斯的情况也很不乐观，教皇威胁他让他交出美第奇家族的黄金，那么他就会放过美第奇的家人让他们在一个小岛上度过余生，洛伦佐发挥机智承诺那不勒斯国王如果他能保护他那么他就把黄金都献给国王，他想借此挑拨国王与教皇的合作。可是没想到的是，阿方索野心勃勃为了自己的利益居然杀了他的亲生父亲，如此一来断了洛伦佐唯一的希望。

就在达芬奇想要解开装置之谜的时候，他的好朋友们被抓走了，达芬奇前去营救，就在千钧一发之际，达芬奇投入迷弹救了他们，并且利用公爵是独眼龙的特点打败了他，克拉丽丝更是亲手杀死了公爵。

就在达芬奇以为一切都归于宁静的时候，卡洛出现了重伤了达芬奇，原来在岛屿的壁画中画的黑暗恶魔就是指卡洛，原来当初达芬奇的母亲从他的手中夺走了叶之书离开的。这时候的达芬奇的师傅出现了为了救达芬奇命丧剑下，达芬奇伤心欲绝。