在《暗黑者》第一季结束的时候，有许多秘密渐渐浮出水面----喜欢杀戮，沉湎于正义游戏的Darker竟然是罗飞当年的警校同窗袁志邦，他最终选择用一场自杀式爆炸来了结自己的生命。在罗飞和Darker的角逐中，前刑警队长落网，庞大的商业集团势力重组，多年前令全市女孩恐惧的碎尸案真凶逐渐浮出水面……Darker对生父死亡真相的探寻，牵动了多方命运的变动，也成为他和罗飞斗争的焦点！十二年前，是什么样的真相，让那个充满正义感的警界奇才，变身成为冷酷的杀手？十二年后，是什么样的因果，让新一代的死亡宣判者，无法逃避自己宿命般的责任？他们，无一例外地踏上了各自的宿命之路……

袁志邦培养的接班人新一代Darker已经拥有了超人的能力，并迅速成长起来，他正伺机而动准备一场新的正义杀戮，而此时罗飞所领导的专案组却是一盘散沙。

前刑警队长韩灏，因为错杀大佬邓桦而成为警察追捕的对象，他在一家商场被发现了踪迹，凭借敏捷的身手躲过了便衣的层层追捕，但最后却落入邓桦生前保镖阿华的手中。警界的老领导丁局责怪追捕韩灏的队长，未经汇报私自行动，他要求把这件案子交由专案组去办理。梁音到医院看望受重伤的熊原，从内心里她非常不希望专案组解散，梁音走后，熊原缓缓睁开了眼睛，原来他早已经醒了。曾日华因为整日无所事事，只好夜夜泡在网吧玩游戏，他对着电脑低吟着想要快回专案组。尹剑觉得是自己才放走了韩灏，心里十分自责，不想再当警察了，在丁局的鼓励之下，尹剑将前往新的部门工作。

阿华殴打折磨韩灏，想让他和自己合作一起对付Darker，但韩灏拒绝和这股恶势力合作。罗飞突然接到薛天的短信，约他在天台见面，罗飞怀疑新Darker就是富家子薛天，他将薛天带回警局询问，却被薛天请来的女律师驳得哑口无言，只好放人。

罗飞和穆剑云在咖啡厅里喝咖啡，突然接到电话，薛天失踪，那个所谓的律师身份也是假的。咖啡喝完，二人玩笑着由谁买单，穆剑云突然发现账单上赫然放着一张死亡通知单，受刑人为南派三叔，罪行是挖坑不慎。两人连忙前往南派三叔的住处，在路上，穆剑云通知了所有专案组的成员，通知单出现了，大家马上响应起来，罗飞宣布专案组重新整合！

罗飞和穆剑云来到三叔的住处，三叔将二人放到客厅，就看起自己新写的小说《老九门》，完全忘记了两人的存在。罗飞将死亡通知单的事情告诉了三叔，可三叔认为这只是书迷的恐吓而已，对此不屑一顾。出门之后，穆剑云分析，南派三叔精神可能真的有点问题，罗飞告诉穆剑云，其实这个死亡通知单就是恶作剧，是自己假造的，目的只是想了解一下南派三叔是不是真的有精神病而已。

专案组成员聚会，大家都觉得罗飞这次胆子太大了，丁局知道了非处置他不可。罗飞认为专案组的每个成员，都各有自己的特色，回到原来的工作岗位只会埋没才能，只有在专案组才会让每个人都闪光。得知Darker再次出现，丁局帮专案组人员找了一个新的办公场所，竟在一艘大型航母的舱体内，里面各种设备一应俱全，紧跟潮流，罗飞非常惭愧，告诉丁局通知单是假的，丁局非常生气，这时，真正的死亡通知单却再次出现了……