接连的怪兽风波让城市人心惶惶，地球的异常征兆仍在持续发酵。就在对抗基鲁的风波稍稍平息、局势稍有缓和之际，全新的诡异异变悄然降临在东京重要水源地大沼水库。这片承担着城市供水重任的静谧水域之中，一头身形庞大的巨型生物骤然浮现，彻底打破了长久以来的安宁。它便是早已被认定彻底灭绝、存活于远古时代的地球古老生物——阿奈摩斯。

得知远古生物意外现世，来自炼金之星的古代生物学家浅野未来迅速赶赴现场介入调查，并郑重给出警示：阿奈摩斯绝对不能暴露在普通民众眼前。她并未像其他人一样对未知巨兽心生畏惧、一味将其视作灾害，反而能清晰感知到这头古老生灵的内在心境，深切读懂了阿奈摩斯与世隔绝、孤独存续至今的深埋悲伤与无助。