李斯把整理好的文学馆的东西交给了赵高让他呈给圣上看，赵高问他是不是奏明文学馆的事情，李斯听了之后想了想说他不知道赵高到底想知道什么。皇上看了奏折之后气得不行，他说这帮儒生真是妄论朝政可恶至极，扶苏长公子怎么能和这帮人混在一起。蒙毅看了之后说还是把李斯丞相叫过来问清楚才好。

皇上让李斯把文学馆的由来好好跟他说说清楚，蒙毅知道事情不妙之后赶紧去问扶苏说他是不是有趣文学馆了，那地方有什么好的。扶苏听了之后说他自己也说不清楚，李斯说皇上不必太恼火，只要教训一下扶苏就行了。第二天皇上亲自宴请朝廷众位大臣和学士们，不议政事只管喝酒。

皇上出来之后质问那些儒士们说自己养他们是为了让他们为大秦的江山出谋划策，他告诉淳于越说和众人说自己与他们喝完了一杯酒就要宣布一个特殊的诏令，扶苏先行告退了。随后皇上让李斯宣读了诏书，焚毁了百家书籍，有人敢谈古论今者灭九族，这就是有名的焚书坑儒事件。

扶苏知道了大事不好之后让淳于越的女儿乔女跟着自己走，他把乔女打扮成了一个军士带回了自己的府上面。这时候李贤刚好看到了扶苏带着乔女，她问扶苏这女子是谁，扶苏没有解释清楚，李贤生气的走了。李贤在外面遇到了蒙毅，李贤求蒙毅去劝劝扶苏，蒙毅问明白了事情的原因之后去找了扶苏。

蒙毅去问扶苏是不是真的要金屋藏娇，扶苏听了之后说自己不是金屋藏娇，那女的是淳于越之女，蒙毅听了之后说他为什么要冒天下之大不为，要是皇上知道了肯定会生气的。扶苏找了一个安全的地方把乔女安顿了下来，扶苏准备去找皇上说让他停止焚书坑儒的诏令，蒙毅和灵儿没有拦住他。

皇上听了扶苏的话之后十分的生气，他给扶苏说了一番关于治理江山的道理，还说只要是谁敢挑衅自己的天下，自己一样不会心慈手软。扶苏说既然是这样就让他也把自己给治罪杀了，秦始皇听了之后生气的不行，他心力憔悴的吐了口血。皇上罚扶苏去秦直道那里面当监军，乔女说自己不能再连累扶苏了，扶苏说自己会带她一起走的。

李斯告诉自己的女儿李贤说不管扶苏走到哪里都让她跟着扶苏，这样他才能打动扶苏的心。皇上告诉扶苏说自己让他去边关就是为了历练他，这样才能成熟起来，扶苏回家之后看到李贤在整理东西，他说不让李贤跟着自己一起去边关，因为那里十分的疾苦。