袁崇焕奉旨来见朱由检，文武百官也都在场，袁崇焕自称庶民，朱由检故意找茬，谴责袁崇焕看不上他的封赏，却情愿让皇太极封侯加爵，朱由检让六部尚书和各级言官，一一列举袁崇焕的罪行，他们分别对袁崇焕口诛笔伐，温体仁搬出范文程诬陷袁崇焕的密信，他始终一言不发，朱由检把百官打发走，单独把袁崇焕留下来，袁崇焕反复声明自己问心无愧，恳请朱由检杀了他，就可以平息天下众怒，以保大明江山稳固，朱由检痛心疾首，他很清楚袁崇焕所做的一切都是为了朝廷，可不得不杀了他，袁崇焕觉得自己死不足惜，恳请朱由检下决心扫荡积弊，破旧立新，否则皇太极围京之祸会再次重现。

文武百官一起跪请朱由检，赐死袁崇焕，朱由检权衡再三，做出了最后决定，这是一个艰难的选择，也是袁崇焕的选择。梁廷栋除掉了一切障碍，可他一点也高兴不起来，脑海中闪现出孙灵汐对他的失望，香莲的苦苦哀求，袁崇焕的铮铮豪言，以及孙承宗的谆谆教诲，温体仁提醒梁廷栋不要有妇人之仁，如果想坐稳内阁首辅，就要有一颗铁石心肠，还给他大讲为官之道。

程本直来诏狱陪袁崇焕下棋，并向他汇报了此行一无所获，根本没有找到那个世外高人，程本直一直想不通，袁崇焕为何毛文龙的账册公布于众，袁崇焕发现京中百官和天下的巡抚都在这本账册之中，他害怕绝望了，那时候就知道自己五年平辽的计划会遥遥无期，袁崇焕声明之所以把皇太极引到京师大战，就是想让朱由检清楚贪腐的危害，让百官警醒，激起百姓保护家园的斗志，大家一起同仇敌忾和皇太极的部队决战，可事与愿违，程本直替他不值，大明已经腐朽到根基，袁崇焕却要以己之命来警醒世人，可他心甘情愿，无怨无悔，程本直苦苦恳求袁崇焕为了辽东的将士们也要活下来，他想出一个计划，可以保袁崇焕重返辽东，可袁崇焕心意已决，程本直也只好作罢。

梁廷栋主动来找孙承宗，恳求孙灵汐和他一起回家，梁廷栋发誓会竭尽全力把袁崇焕救出来，他想出一个办法。孙灵汐到处找程本直，想让他按照梁廷栋的主意帮忙救出袁崇焕，最后在酒馆找到了程本直，可他借酒浇愁，喝得醉醺醺的，口中反复念叨道长留下的四个字“因清而清”，孙灵汐只好先带胡三离开。

朱由检商量补充内阁的人选，百官举荐梁廷栋入内阁，朱由检当场答应他入内阁。袁崇焕身陷囹圄，还写信给祖大寿，反复叮嘱他不要擅自行动，要遵从皇上调令，否则会让关宁军万劫不复，祖大寿和谢尚政无奈，只好照办。吴三桂接到消息，朱由检要把袁崇焕凌迟处死，他立刻来向祖大寿汇报，谢尚政发誓要带将士们杀回去，为袁崇焕报仇，祖大寿也想为袁崇焕报仇，可他时刻记着袁崇焕的嘱托，保住关宁军，守住辽东，不想让袁崇焕死不瞑目，谢尚政不甘心，他脱下盔甲，头也不回地离开了关宁军，祖大寿伤心地嚎啕大哭。

梁廷栋出主意让孙灵汐去找程本直，让关宁军三日以后配合行动，梁廷栋负责支开诏狱的看守，让他们劫狱救人，并且答应事成之后让孙灵汐和袁崇焕远走高飞，谢尚政也来参加行动，孙灵汐，胡三和小兰一起来参加。卲千户答应帮袁崇焕了却心愿，当初杨涟就留给他一封绝命书，可袁崇焕向清清白白地离开，他决定慷慨赴死。孙灵汐和谢尚政等人杀掉了镇抚司的锦衣卫，顺利来到诏狱救袁崇焕，袁崇焕断定她们是被人设了圈套，坚决不许他们砸门，可孙灵汐坚持要和袁崇焕共进退，袁崇焕当场跪下恳求他们，他不想连累私下里和谢尚政他们。