以若叶镇为目标持续旅行的小智等人，途中被空木博士托付一个重大任务。内容是要小智等人到神奇宝贝海洋研究所拿一个神奇宝贝的蛋过来。小智等人前往的地方，叫做成美的女性正在操作观测机器操作，不知在海中做什么实验。然后突然的，海中发生强大能源，大群乘龙陆陆续续的跑出来。里面还有在橘子群岛告别的小智的乘龙！据成美说，乘龙可以在海中探测到至今仍无法解读出来的旅行方法。听说秘密就在乘龙发出的声音之中。