以神奇宝贝大师为目标，小智与皮卡丘来到未知的新天地丰缘地方旅行。然而皮卡丘的状况却不大对劲。为了让发高烧呻吟不止的皮卡丘得到治疗，小智与芳缘地方出名的神奇宝贝博士，小田卷博士取得连络。原来皮卡丘是受到之前火箭队的攻击影响，体内累积大量的电气，再恶化下去搞不好会发生爆炸。於是吸取皮卡丘体内的电气治疗马上展开，但是皮卡丘太过庞大的电气能量却引发机械发生爆炸！意识不清的皮卡丘就这样逃到外面。小智与小田卷博士也马上紧追上去…。差不多这时候，住在丰缘地方的小遥正踩单车往小田卷博士的方向来，打算拿最初的神奇宝贝以踏上神奇宝贝训练家之旅。个性开朗、活蹦乱跳的小遥一知道博士不在研究所，也马上追了出去。到底逃出研究所的皮卡丘是否营安无事？！小智要怎样克服在新天地突然遭逢的危机呢？