离去的人已经远去，深夜食堂的故事还在继续。

这天晚上，小寿叔念叨着好久没有看见小龙了，他还说每次看见小龙吃红香肠就觉得特别美味。老板问他要不要来一份时，他却拒绝了，坚持只有阿龙盘子里的红香肠才好吃，而且总有一天他会吃到的。老板对他的心思心知肚明，照例给他做了一份鸡蛋厚烧。

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阿龙因为业务表现特别突出，收到了董事长给予的厚厚的奖金。阿贤旁敲侧击的说自己的女朋友特别上进，考上了新闻播音系，他想给她支援一点。谁料阿龙却把手里的奖金都丢给他，还建议他去买一些上档次的衣服，别让女孩瞧不起。

阿龙收到董事长的电话，让他注意提防和阿义在夏日俱乐部谈生意的人。晚上，阿龙和阿贤便去了小寿叔的夏日俱乐部，他们不知道的是，有人已经在暗地里盯上了他们。

小寿叔发现阿龙来自己店里非常高兴，热情的请他们喝酒。阿贤只顾着看美女，阿龙却发现一个叫托尼的人在和阿义谈生意。原来，托尼想通过阿龙他们的码头运一批特殊的货，并开出了惊人的利润。阿龙却说自己管理公司只有只有一个原则，不能做的，不该做的和违反道义的，他是不会做的。阿义将阿龙拉到一边问他为什么不给自己面子，阿龙说应该提防着点托尼，阿义却只当阿龙是多心，没有放在心上。

阿义和阿龙是同期进的公司，两人之间的交情十分深厚，但阿义性格比较急躁，有些急功近利，相比之下，阿龙更加稳重成熟。

这时，有喝醉酒的客人拉着陪酒的姑娘不放，小寿叔急忙过来打圆场，谁料那个客人还嚣张要求小寿叔找几个美女换比基尼来伺候自己，小寿叔无奈说自己穿给他看，男子却拿起酒瓶就往小寿叔的脑袋上砸，还骂他娘娘腔。酒店的保安想要过来帮忙却让小寿叔拦住了，他依旧没事人一样安抚客人，还让酒保多送几瓶酒过来给他。

阿龙和阿贤却没有放过他，两人将男子扒光扔到了河里，还威胁他天亮才准上去。办完事后，阿龙和阿贤到深夜食堂吃东西。阿贤跟食客们炫耀着自己办的好事，马玲玲拍案叫好，没见过这个阵仗的泡面姐妹却面面相觑。阿贤夸小寿叔虽然平时看着娘娘腔，关键时刻却像条汉子。话音刚落，小寿叔就嚷嚷着进来了，大喊着自己破相了，还让马玲玲赶紧给自己找医生，如果留下疤痕他就不活了。

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阿贤得意洋洋的对小寿叔说以后他的店有自己罩着，小寿叔却不领情，还说阿贤只是个小屁孩，连长幼尊卑的规矩都不懂。马玲玲笑他小题大做，谁料小寿叔转身就对阿龙说，他盘子里的红香肠看起来很诱人，自己能不能尝一尝。众人都在等阿龙的反应，出人意料的，阿龙却将盘子推给小寿叔，让老板重新给自己上了一盘。

众人离开后，一向沉默寡言的阿龙却和老板谈起了小寿叔，说他一个人经营一家店很不容易。老板说以前小寿叔还有当厨师的儿子帮他，但可惜的是他儿子出了车祸，后来老婆也去世了，就只剩下他一个人。他店里那些男孩女孩都是没地方去的孩子，是小寿叔收留了他们，将他们当成自己的儿子女儿一样。阿龙问小寿叔常常打扮的十分妖艳，是不是有隐情。老板却急忙否认了，还说以前小寿叔老婆也这样，两个人经常花枝招展的过来吃东西。

芸小姐查资料得知阿龙的公司是整个港口最厉害的公司。小寿叔却说两人都不是什么坏人，阿贤常常穿着皮夹克将自己打扮成坏人，但其实不是什么坏人。阿龙虽然看起来凶狠，但是个非常讲义气的人。小寿叔还说阿龙这样的个性他是最熟悉的，跟他的儿子像极了。

慢慢的，阿龙和小寿叔的关系越老越好，渐渐也能聊一些闲话。托尼来到深夜食堂找阿龙，他想和他继续谈那批货的事情。托尼说如果阿龙同意，他可以将阿义那部分给他，让他提四成，而且自己会帮他处理阿义的问题。

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走的时候，老板委婉的告诉阿龙，连美食都不喜欢的人，不值得信赖。阿龙表示自己同意。托尼的纠缠让阿龙最近的心情都不是很好，更糟糕的事，这件事还惊动了刑警。以前与阿龙打过交道，被他成为“苍蝇刑警”的年轻人找到了深夜食堂，含沙射影的说自己知道十号码头会进一批不单纯的货。他还犀利的问老板眼睛上的刀疤是怎么回事，直言深夜食堂是一家挂羊头，卖狗肉的黑店。老板没有生气，解释自己店里只是做些家常小菜。随口点了一瓶啤酒和大锅菜，苍蝇刑警的目光却一直都在注意着阿龙。

晚上，阿龙和阿贤又来到深夜食堂吃东西。小寿叔说最近撞上了凶日子，还邀请阿龙和自己一起去拜拜佛。阿龙冷淡的说自己没空。这时，一旁看热闹的阿贤接到了胖德的电话，胖德话没说完就挂了。原来，阿义带着托尼去十五号码头看货了。阿龙听完立马带阿贤冲到了码头，两人刚刚离开，苍蝇刑警就来了。原来，苍蝇刑警的线人打听到，阿龙公司的人要干掉他。小寿叔一听，急忙骑着电动车追了过去。

果不其然，阿龙和阿贤被托尼和阿义埋伏了。阿龙不备被胖德在腰间刺了一刀，鲜血直流。两人开车想要逃跑，却被胖德开着一辆大货车将车撞翻了。两人被困在车里，托尼拍着阿义的肩膀，说自己答应过帮他处理好阿龙，说完就开车准备撞向两人。正当两人绝望之际，小寿叔骑着电动车挡在前面，说自己决不允许别人伤害他们。正当小寿叔和托尼周旋之际，警察赶了过来，阿龙和阿贤终于脱险。

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托尼和背叛阿龙的那帮人都被警察抓了起来，阿贤伤势较轻，还来到深夜食堂喝酒和众人吹嘘。有人问苍蝇刑警那么费心救阿龙，是不是两人有什么关系，甚至猜测阿龙是卧底。

阿龙向董事长求情，说阿义只是受了别人的挑拨，还说让自己承担他犯的错。董事长说阿义已经承担了后果，还说阿龙是个正直的人，他也很器重他，但也让他注意不要显露自己的弱点。

阿龙受伤期间，小寿叔无微不至的照顾着他，经历过这场生死患难，两人的关系也越来越亲近起来。

苍蝇刑警——李警官又来到深夜食堂。他问阿龙每次来是不是都点红香肠，老板说是的。李警官说这么多年，那家伙还是没忘。老板好奇地问两人之间是不是有什么交情，李警官则否认说自己是警察，怎么可能和他有关系。李警官又一次问其老板脸上的刀疤，老板说自己是天生的。李警官说自己会一直盯着老板的，然后点了一份大杂烩。

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老板没有追问李警官和阿龙的故事，他知道，其实深夜食堂的每个人都有自己的故事。食客们来来去去，只有老板一直守在这里，每天零点到八点，用美食倾听别人的故事。