山东是北平南下的必经之地，所以铁铉选择在山东任职。夏原吉听懂了铁铉的意思，他说朝廷怕是用不到铁铉了，因为陛下近日在大量调拨军资，他已经先下手为强了。朱允炆已经准允燕世子携其兄弟回北平，他还故作关心状叮嘱他们回去好好照顾朱棣。朱棣的二儿子朱高煦偷了徐允恭的马，抛兄弃弟独自回了北平。不久后，海别和乌兰图雅也离开了京师，身后是依依不舍的朱允炆。妙锦和徐增寿送燕世子等人上马，目送他们离开。

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斥候传回消息给北平，后军都督府都督佥事耿瓛，是长兴侯的三子，率步骑三万，已进驻山海关。朱棣看得清清楚楚，长兴侯的长子娶了朱允炆的亲姐姐，所以在朱允炆的眼中，这才是自己人，朝廷围在北平外的军力已有九万余众。本以为朱棣手里还有燕山三卫的一万六千兵马，但张武进来告诉他，都司那边刚得到消息，朝廷已下令调燕山三卫赴开平统归宋忠节制，另调两卫边军接管北平城防。不仅如此，陈亨也转任大宁行都司都指挥使。

朱棣得知朱高煦回来的消息，便询问朱高炽和朱高燧是否回来。对于抛兄弃弟，单独回北平的朱高煦，妙云恨铁不成钢，生气地鞭打他，后被朱棣阻止。随后，朱高炽和朱高燧也回来了，令人意外的是，随同他们回来的还有海别。海别同朱棣说了一些话，都是关于先帝临终前所说的话，朱棣相信她所说的是真的，他也有信心能守好北平。朱允炆下令，捉拿道衍及其燕王府一干不法官员，张大人和谢大人随同军队一起前行。

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朱棣以天子之叔，却不能保旦夕之命，被逼到如此地步，还有什么不可为，朱棣欲策反张谢，可两人不愿意，最后被朱棣斩首。其余的军士，忌惮朱棣，结果追随了他。文人不识趣，这些武人倒更识相一些。公元1399年，明建文元年七月，朱棣以八百亲卫在北平起事，北平守军倒戈相从，靖难之役爆发。朱棣起兵，事出有因，因此追随他的军士众多，他的理由亦非常充分。朱允炆十分生气，方孝孺却贺他，声称燕王朱棣已经自绝于先帝和天下，陛下可无忧矣。

宋忠骗手底下的燕山三卫说朱棣已经杀害了他们的家人，因此起兵后，燕山三卫无人来投。朱棣胜券在握，根本不担心。次日，燕山三卫的诸多家人眷属随同朱棣一起前去，呼喊燕山三卫开城门投降。刹那间，宋忠就被杀了，燕山三卫倒向朱棣。朱允炆宣曹国公李景隆觐见，李景隆却建议陛下召魏国公徐允恭入宫觐见。徐允恭提到了宁王朵颜三卫，同时表示自己愿意为陛下分忧，前往宁王处接管宁王兵马，可朱允炆仍然防着他，所以没答应。

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朱允炆在朝上下旨后，提醒长兴侯勿让自己担上杀叔之名，皇太后吕氏为此不满，觉得儿子这是妇人之仁，朱允炆不以为意。而朱棣听闻此事，嘲讽自己竟然不知道还有如此孝顺的侄儿，宁王朱权分给陈亨的兵马不多，朵颜三卫亦不在其列，理由是附近有元人骑兵出没，不可派出去太多军卫。朝廷的二十万兵马在真定和松亭关止步不前，朱权也敢首鼠两端，朱允炆不免担心，届时会有别的藩王对朝廷生出轻视之心。