从1932年开始，一个叫石井四郎的日本人对中国人实施病毒战，建立臭名昭著的七三一生化部队，研究出许多致人慢性中毒的细菌。

这些细菌被日本人投放到上海各处水井内，上海市民们浑然不知，照常取水回家食用。阿宝到一口水井打了一桶水，返回住处，口干舌燥喝了几口打回来的井水。

中国面临着被日本人细菌侵害的危险，爱国医学博士叶振元携女叶莎莎奔赴上海，带了一箱抗生素资料，打算送给医术精湛的唐余锦，让唐余锦根据资料研发出抵抗细菌的药物。

日军特务部门第一狙击手岗仓在列车上等侯多时，侍机夺取叶振元手中的资料。与此同时，复兴社姚站长派出刘子刚在内的几个下属踏上列车，众人的目标也是抗生素资料。

岗仓身手不凡，制奇混乱夺走了叶振元手中的箱子，将假箱扔在地上，叶振元拾起假箱子，以为资料还在，下车与地下党员丁伟汉会面。

东山将岗仓领到日本料理馆进食，岗仓与黑羿有不共戴天的仇恨，此番来上海，一为替父报仇杀掉黑羿，二为东山执行任务。

唐余锦得到叶振元赠送的抗生素资料，返回住处，阿宝因为喝了含有细菌的井水，不时咳嗽，渐而咳出了大量的血液。

刘子刚未能夺到抗生素资料，返回姚站长身边复命，姚站长气急败坏训了刘子刚一顿。

岗仓为了不打草惊蛇，晚上来到叶振元的住处，放下装有抗生素资料的箱子，制造声音悄悄离去。刘子妍听到门外有声音，开门发现地上放着一个黑箱子，里面放着抗生素资料，叶振元曾把黑箱子交给唐余锦，黑箱子忽然被人送回来，叶振元以为送箱子的是唐余锦，渐而认为唐余锦不愿意研发抗生素。

深夜，唐余锦坐在办公室认真研究资料，阿宝的病情迅速加重，躺在房间里面剧烈咳嗽，唐余锦察觉到阿宝身体出了大问题，离开办公室往阿宝睡觉的房间跑去。