为了实现野心，确实进行准备的银河队，下一个目标是居於神奥各地湖泊的3只传说神奇宝贝。而负责指挥作战的，竟然是神奇宝贝猎人J！立刻将帷幕市陨石做成的「银河炸弹」投下的J，试图抓住3只湖中神奇宝贝！察觉到自身有危险的湖中神奇宝贝，求救的悲痛思绪没有传达出去吗…。然而，相隔遥远的小智一行人，确实感受到那股意念了！为了阻止银河队以及神奇宝贝猎人J，小智等人挺身而出！同时，神奥最强的冠军?竹兰现身了！赌上神奥地方命运的决战时刻，逼近眼前了！

帝牙卢卡与帕路奇犽！最後的战斗！！

银河队的野心，那就是使用3只湖中神奇宝贝的特别力量，召唤出「被称为神的神奇宝贝」帝牙卢卡与帕路奇犽，藉著娜强大的能量融合创造新世界。如果这个野心实现，神奥地方将会彻底消失。能解救这个危机的只有亚克诺姆、由克希、艾姆利多，还有能与它们同步的小智等人。但是，赤日将「神之力」移到自己手上了！而那股力量发动的时候…。赤日的理想，还有小智等人的愿望终於正面冲突！时空传说所引发的最後战斗。最终将会如何！？