经过一番风波，一方通行找到了最后之作。最后之作玩到不小心跌倒受伤，一方通行只得去药局买护理用品，却有一个黑衣集团挡住去路。“猎犬部队”――学园都市台面下的这个组织，无预警就袭击一方通行，其中还有一名白袍男性，曾经参与一方通行能力开发的研究者――木原数多。木原数多破解一方通行的“矢量操作”将他打倒，并且不知为何宣称要回收最后之作。努力抵抗的一方通行，在这时候才得知最后之作的真正用途。同一时间，某人瘫痪警备员的防卫网，入侵大雨纷纷的学园都市。