前方之风入侵学园都市引发的一连串骚动终于解决，上条也回到一如往常的平凡生活。忙着准备和同学交换便当菜色、结标住进小萌老师家，全班加上茵蒂克丝一起举办寿喜锅派对，大家看起来都在享受着青春。然而世界各地开始对学园都市进行示威和抗议活动，在这样的局势之下，学园都市很有可能与各大势力开战，家长们担心学生的安危，开始要求将子女带离学园都市，上条认为自己是本次事件的核心人物而感到烦恼。另一方面，与学园都市台面下的组织进行交易，将自己卖给黑暗的一方通行，受命进行某项任务。