在没有受过特殊训练的情况下，真嗣就和EVA 达成同步和使徒作战。射出后与第三使徒对峙的初号机，因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在遭到使徒的攻击后活动停止。但在真嗣昏迷后初号机奇迹般地再启动，在失控的状态下，用压倒的战力将使徒击溃。面对冷漠的父子态度，美里提出要真嗣与她同住的要求。14岁的自我封闭少年与29岁的单身美女的共同生活就此开始。美里对真嗣作战的成绩表示赞赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口。