在一次实验中，NERV本部的电力供应忽然中断，仅有的后备电力被用于维持MAGI系统。正当NERV处于一片混乱时，第九使徒由海岸登陆。与第三新东京市内的真嗣、丽与明日香，听到国联的警报后，努力寻找可到NERV的通道。同时，元渡他们用自己的手为EVA的发进作好了准备。三机发进后，联合作战成功地击毁使徒。