科学家们在搜索 Atlantis 城区的时候，在一个病毒实验室发现了一些破碎的容器，然后队员们相继开始出现鬼魂的幻觉，6个小时后导致脑动脉破裂而死。一个病人由于过度的惊吓在城区四处乱窜，Atlantis 全面戒严。

然而6个小时过去后，McKay 却并没有死亡，原来是他体内的古人基因保护了他（他第一个接受了基因改造），在显微镜下，Carson 发现它是一种专门用于杀死普通的人类的纳米病毒（纳米机器）。但是现在只有 48% 的人有条件接受基因治疗，所以更有效的办法是制造一个强电磁脉冲（EMP），消灭所有的纳米机器。于是 Sheppard 带着一个 Naquadah 发电机飞到城市上空 20 英里处引爆，爆炸产生的 EMP 消灭了病毒。

既然幽灵需要吸食人类的生命维持自己，所以病毒不会是他们弄的，那么到底是谁制造了这种可怕的东西？