借助魅上照的“死神之眼”，月终于将L的本名L.Lawliet写在笔记上。然而，早有防备的L对笔记做了手脚，真的死亡笔记已交给总一郎保管，月拿到的不过是渡制作的赝品。终于确认月就是基拉的L敦促月自首。与此同时，总一郎等人也赶到现场，突然事态发生重大变化，L被害。

月确信这次是赢了L，决定尽早取回笔记，遂以为好友L报仇为名继续留在基拉对策室。但是，在L墓前，渡向基拉对策室的成员展示了L生前录好的视频，L指定尼亚成为他的继承人，而且叮嘱她和基拉对策室的成员一定不能让基拉夺回笔记。尼亚来到对策室，很快推理出杀死L的凶手就在那日来基拉对策室收缴火口一案证据的检察官中，让众人刮目相看。

另一方面，她却对总一郎的儿子、L的生前唯一的朋友夜神月缺乏警惕，这让月不禁洋洋得意。月让海砂恢复了关于笔记的记忆，从此以后，月、海砂与魅上照三人联手铲除罪犯。基拉肃清罪犯的势头越来越猛烈，并渐渐成为得到人们压倒性支持的人物。为了早日实现没有犯罪者的世界，月再三试探父亲，想夺回黑色死亡笔记。这时，夜神妆裕被绑架了。

总一郎接到绑架者打来的电话，犯人要求用死亡笔记做交换。尼亚断定是基拉绑架了妆裕，月则决定利用这个机会夺回死亡笔记。

通过侵入监控摄像头系统，尼亚在录象中找出了绑架妆裕的犯人——基拉对策室成员日村章子。月与总一郎去救妆裕，与此同时，尼亚也开始了自己的行动。