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第3集：水水獭！黑眼鳄！危在旦夕！！
电视猫 时间：
小智首先以第一间道馆的所在地三曜市为目标。接著，不知为何同行的艾莉丝，在路上遇到叫做阿丹的少年。他家好像在附近开设温泉渡假旅馆，有很自傲的沙浴的样子。正当大家准备做沙浴的时候，周围却不断冒出「沙漠鳄鱼神奇宝贝」黑眼鳄！照阿丹的说法，它们平常非常温顺，会和训练家一起享受沙浴。但是，这些黑眼鳄却突然开始拼命的挖掘地面！
在它们掀起的烟尘中出现的是，带著墨镜的黑眼鳄！无视於一旁惊讶的小智等人，它张开大嘴把皮卡丘与牙牙、以及偷偷跟来的水水獭带走了！这只黑眼鳄的目的到底是什麼！？