这是一座占据东京西方大部分区域的巨大都市。由於230万居民之中有八成是学生，因此这里被称为『学园都市』，而且居住在这里的学生们，必须接受开发超能力的特殊教育。学园都市的某名高中生上条当麻，被判定为及格边缘的无能力者（LV0），因为他的右手拥有「消除所有异能之力」的神秘力量。而且右手的这种力量，甚至将他身上的「神的守护」一并消除，使得他总是过著不幸的人生。在暑假的某一天，一名纯白的修女从天而降来到上条的房间，这名少女表示，她是从「魔术」的世界逃离出来的人。