陶晋告诉聂小倩自己已经找到神剑的藏匿地点，二人商议用声东击西的办法偷取神剑。陶晋顺利的从密室拿到神剑，当他正要和聂小倩逃走的时候，黑风率部下包围了他们，原来他们俩的计谋早已被黑风识破，这一切都是黑风计划好了的。

黑风说眼看自己就要成为三界盟主，陶晋就是三界的少主了，为什么还要背叛自己。陶晋激动地说自己是黑风一手养大，他也想跟着师傅建功立业扬名立万。但是他从小跟聂小倩和聂小环一起长大，跟她们也有很深厚的感情。可是黑风却残忍地杀害了聂夫人，当他决定和聂小环隐姓埋名，白头到老的时候黑风却又把聂小环害死了。

黑风说自己曾经多次告诉陶晋要成就大事不能有妇人之仁，陶晋却说财富再多权势再大都不如心中的那一份真爱，黑风不仅毁了自己的幸福，现在还要毁掉更多人的幸福。他慷慨激昂地说，为了天下苍生今天他也要除掉黑风，这是他活下去唯一该做的事情。

陶晋对聂小倩说是自己连累了她，他一定会让聂小倩活着离开黑风寨。他请求聂小倩把他和聂小环合葬在一起。

黑风笑陶晋太狂妄，陶晋说自己现在手里握有轩辕剑，一定能够制服黑风。黑风告诉陶晋轩辕神剑威力无穷那只是古人的一个谎话，自己苦苦寻找神剑只因为它是三界至高无上的象征，拥有神剑他就是三界之神，可是轩辕神剑握在陶晋手中就只是一块废铁。

陶晋不相信拿着神剑与树妖搏斗，可是神剑并没有像传说中那样发出巨大的威力，果真只是一块废铁。陶晋见状为了保全聂小倩用力把小倩抛出天外，黑风欲施展法力攻击聂小倩，陶晋奋力阻挡被黑风打死。

陶晋临死之前请求黑风放过天下苍生，不要让别人像他一样饱受生离死别之苦，他更不想让师傅落入万劫不复之地。陶晋的死并没有让黑风醒悟，他疯了一样地抱着陶晋发誓要让所有背叛他的人成为陶晋的陪葬品。

黑风如愿登上了三界盟主之位，他颁布了三界新秩序，凡是不听从他的号令者一律杀无赦。他命令部下清剿所有反对势力，各大门派纷纷遭受到黑风寨的围剿，三界苍生苦不堪言。

赤眉道长召集燕赤霞、聂小倩等人要拼死除掉黑风，他告诉大家三天之后，天空将出现日月同辉的异象，到时世间万物都将受到神力的影响，希望他们能够借助神力除掉黑风，成功失败在此一举。

燕赤霞、严雨生和聂仁用捉妖绳控制住了树妖，他们通知黑风用神剑来换树妖。黑风如约而至，他化作一缕缕黑烟无论众人怎么努力黑风仍然毫发无损。黑风为了追杀聂仁不惜杀死树妖，众人斥责黑风禽兽不如，涂炭生灵，残害三界。

黑风扬言要杀死众人，他把神剑插在祭坛中央，布下黑风阵，黑风阵变化莫测就连赤眉道长也无法破解。宁采臣拔出轩辕神剑却发现神剑毫无用处，聂小倩想起上次在炎帝陵墓两人心意相通神剑才被激活，她把宁采臣拉到一旁，把自己的元丹吐出来喂给了宁采臣，她相信宁采臣身为宁家后人定能制服黑风。

宁采臣手拿轩辕神剑站在神坛中央，奇迹出现了，神剑驱散了黑风阵，本来一片阴霾的大地顿时恢复了光明，宁采臣把轩辕神剑掷向黑风，黑风顿时幻灭。

聂小倩没了元丹生命即将走到尽头，她含泪和大家告别。看到小倩的身躯慢慢消散在风中，大家都十分伤心。燕赤霞告诉宁采臣作为一个修道之人自己的责任就是普渡众生，他一定会再次找到小倩，助她修成正果。

君如磐石，妾如蒲苇。鹣鲽君妾，神剑横出。旷野中宁采臣怀抱着一只洁白的狐狸，宁采臣和聂小倩生生世世相恋，此情不渝，此爱不绝。

（此剧终）