任务再次失败的史克奇和朗德准备揍人解气，但路过的忍者大师克莱恩却给他们上了一课，目睹了这一切的机器王准备用脑波转移器提取克莱恩的忍者武艺。有了克莱恩武艺和思想的史克奇和朗德变得非常厉害，现在音速小子要和克莱恩的徒弟哈勃一起破坏机器王的计划，来到机器王城堡的音速小子看到了忍者机器军队，但他们的头脑却并不怎么聪明。