1913年3月20日宋教仁被暗杀，所谓政党内阁，即在血腥中被证明为不过是一厢情愿。

7月12日，二次革命爆发。江西、江苏、安徽、上海、广东、湖南、重庆相继独立。孙中山发表声明要求袁世凯辞职。

但是在短暂的掀起声势后，二次革命不到两个月即完全失败，孙中山、黄兴等大批革命党人再次流亡日本。本欲以军事行动对抗袁世凯的扩张，结果却使袁世凯的势力扩张到长江以南。在基本形成军事强权之后，袁世凯开始加紧建立专制统治。

10月6日，袁世凯以恶劣手段当选正式大总统。

11月4日，袁世凯解散国民党。

1916年元旦，袁世凯宣布改元洪宪，当了中华帝国的皇帝。

在袁世凯还没有称帝前，1915年11月21日，蔡锷、唐继尧、李烈钧等宣布组成中华民国“护国军”，25日，护国战争正式开始。在举国一致的讨伐中，1916年3月23日，袁世凯宣布废止洪宪年号，称帝83天，不过一场大梦。6月6日，袁世凯病死。

此后，军阀混战局面形成，《临时约法》被一再践踏，1917年7月6日，以孙中山为首的革命党南下广州，准备武装讨逆护法，9月1日，中华民国军政府在广州成立，选举孙中山为军政府大元帅。由此，中国开始出现南北两个政府。

由于没有实力，第一次护法运动失败。1920年11月，孙中山回到广州，重组军政府，第二次护法运动开始。1921年4月，广州的国会非常会议决定在广州组建中华民国政府，孙中山当选非常大总统。但陈炯明叛乱使第二次护法运动又告失败。在所有失败中，这一次失败对孙中山的打击最为惨重深刻。艰辛和挫折，使孙中山迫切地要去走一条新的道路。