1662年6月郑成功去世，其长子郑经继位，在陈永华的辅佐下，明郑时期的台湾曾有一段励精图治的岁月。儒学文化开始植入，耕地面积大幅拓展，汉移民人数增加到大约20万，从此形成台湾以汉人为主体的移民社会。 清廷和郑氏隔海对峙，兵戎相向，大陆东南沿海地区人民饱受“禁海迁界”之苦。而台湾明郑时期短暂的太平图景，也随着郑经借“三藩之乱”爆发之机，发兵反攻大陆而终结。

三十多年间，清郑双方曾有十余次和谈，但都因政治认同分歧而破局。康熙皇帝最终下定以战促降的决心。在京赋闲十三年的老将施琅，被再次任命为福建水师提督。 1683年6月，施琅率师出征，一战克澎湖，大获全胜。促使郑氏集团接受招抚，台湾不战而降。入台受降的施琅，摒弃与郑氏的个人恩怨，诣庙哭祭郑成功。台湾社会在“市不易肆，民不知兵”的情况下，实现了政权平稳过渡。 施琅写就一篇《恭陈台湾弃留疏》，力陈把台湾纳入版图的理由。1664年4月，康熙帝下旨将台湾正式纳入清朝版图，设立一府三县，隶属于福建省。台湾步入212年的清朝时期。