明郑时期，台湾第一座孔庙在台南落成。由明及清，这座台南孔庙始终享有 “全台首学”的至尊地位，它是儒学为代表的中华文化在台湾岛发扬光大的象征。 清朝赴台官员，如周昌、蒋毓英、陈瑸等人，意识到施行教育“为海天第一要务”，因而大力倡学，弘扬教化。府学、县学、书院、义学、社学，各类学校纷纷建起，福建的书院规制也移入台湾，大批闽籍学人渡台担任教职，培育台湾子弟。 士绅垦户重道崇文，捐资兴学。泉籍子弟施士洁捐建海东书院，永定贡生胡焯猷捐建明志书院，台湾首富林维源创办大观义学。

清政府对台湾考生实行“另编字号”以保障录取名额的优惠政策。许多闽粤学子为求取功名而“科举移民”到台湾。泉州移民张世箱家族十年间出了六位举人。 两百多年的儒学教化和科举制度，培育出一批批台湾菁英，台湾也从一个粗放的移垦社会逐渐转型为文治社会。 台南农家子弟汪春源承蒙道、府、县三级官员悉心栽培，成为台湾最后一位进士。两百余年间台湾33位进士的名字，至今铭刻在北京孔庙的进士题名碑上。